Инженер-конструктор, специалист в области локомотивостроения, изобретатель, кандидат технических наук. Почётный железнодорожник. Окончил в 1955 г. МВТУ им. Н.Э. Баумана, работал в паровозомеханическом цехе Коломенского завода им. В.В. Куйбышева. С 1955 г. на конструкторской работе. С 1961 г. начальник газотурбинного бюро; с 1968 г. заместитель главного конструктора; с 1969 г. главный конструктор завода по локомотивостроению. В 1971-1987 гг. директор Всесоюзного научно-исследовательского тепловозного института (ВНИТИ). В 1987 г. оставил должность руководителя института, был избран заместителем директора (ВНИТИ) по научным и конструкторским работам; с 1998 г. главный конструктор (ВНИТИ). Участвовал в проектировании, изготовлении, испытании, освоении в эксплуатации и ремонте многих локомотивов. Его статьи публиковались в журналах "Локомотив", "Железнодорожный транспорт", "Транспортное машиностроение" и др. изданиях. Э.И. Нестеров - один из авторов ряда изобретений, в том числе "Жаровая труба камеры сгорания", "Двухсекционный газотурбовоз", "Газотурбинная установка для локомотива".
     Скончался Э.И. Нестеров 15 июня 2011 года, похоронен на Новогородищенском кладбище в Коломне (Московская область).