Математик, доктор физико-математических наук (1971), профессор МГУ (1977), работал на кафедре теории функций и функционального анализа механико-математического факультета МГУ. Основные научные труды посвящены теории функций и функциональному анализу (теория Н.-Стейна). Обобщил на произвольную систему функций известную теорему американского математика А. Гарсиа (ортогональные ряды и их обобщения). В 1972 г. за работу "Резонансные теоремы и функциональные ряды" был удостоен Премии Ленинского комсомола.
      Cкончался Е.М. Никишин 17 декабря 1986 года, похоронен в Москве на Хованском кладбище (Центральная территория) (2 уч.).